По своей неопытности создал проект в LonMaker с 10-ю устройствами. Сделал comission всех устройств, кредиты ушли. А потом удалил проект из главного меню LonMaker-а, там где выбираеш какой проект открыть, есть кнопка "удалить выбраную базу". Собственно проект то удалился, а кредиты так и не вернулись( Есть ли способ их вернуть?

Увы, кредиты уже не вернуть. А вот если бы Вы сделали Dеcomission при отключенном интерфейсе, кредиты бы вернулись и проект остался.